Relation based genomic selection versnelt genetische vooruitgang

Publicatiedatum: 08-10-2020

Nakomelingen krijgen de helft van hun genetische eigenschappen mee van de vader en de andere helft van de moeder. De vraag is echter welke 50% van de genen krijgt dat dier. Dat betekent dus ook dat broertjes en zusjes niet automatisch 50% aan elkaar verwant zijn. Soms iets meer, soms iets minder. Door op basis van genomics de genetische relatie tussen dieren te berekenen en deze informatie toe te voegen aan de fokwaardeschatting, kun je nog beter de beste dieren selecteren. PIC doet dit al sinds 2013. De impact van Relation based genomic selection op het fokkerijresultaat is groot.

Omstreeks 2000 was PIC de eerste varkensfokkerijorganisatie in de wereld die genotypering in het fokprogramma implementeerde. Genomic selection is gebaseerd op zogenoemde SNP’s. Dit zijn plekken op het DNA waar de bouwsteen van de DNA-streng, de nucleotide, varieert tussen dieren. Met een SNP-chip zijn snel en relatief goedkoop een groot aantal (duizenden) SNP’s van een dier te typeren. Veel fokkerijorganisaties werken met zogenoemde high-density SNP-chips. PIC heeft een eigen unieke high-density SNP-chip ontwikkeld, waarmee alle dieren in de genetische kernfokkerij worden gegenotypeerd.

PIC gebruikt genomic selection aanvullend op de traditionele BLUP-methode. BLUP is een statistische methode om fokwaardes te schatten. BLUP doet dat door familierelaties tussen dieren te koppelen aan informatie die verkregen is door het meten van dierprestaties. De traditionele BLUP-methode gaat er vanuit dat broers en zussen 50 procent aan elkaar verwant zijn. Gemiddeld klopt dat, maar niet voor individuele dieren. Toomgenoten hebben niet allemaal exact dezelfde genen van hun ouders gekregen.

Door het genotyperen van dieren is PIC in staat om ook de werkelijke verwantschap tussen dieren te bepalen. Bij Relation Based Genomic Selection wordt bij de BLUP-fokwaardenschatting de aangenomen verwantschap tussen dieren van 50 procent vervangen door de werkelijke verwantschap. Daardoor is PIC nog beter in staat om de echte topdieren te selecteren voor de productie van de volgende generatie. Het gevolg is een veel snellere genetische vooruitgang op alle kenmerken in het fokprogramma. Het resultaat is goed te zien vanaf 2013 in de beide grafieken. Zo zie je in de eerste grafiek dat PIC er sinds de introductie van Relation Based Genomic Selection in 2013 perfect in slaagt om een toenemend aantal geboren biggen te combineren met een toename van het gemiddelde geboortegewicht. De tweede grafiek laat zien dat sinds 2013, ondanks het doorstijgen van het totaal aantal geboren biggen per worp ook de bigvitaliteit/bigoverleving gewoon meestijgt. Duidelijk bewijs dat het berekenen van de werkelijke genetische relatie tussen dieren een enorme verbetering is bij het selecteren van dieren voor de volgende generatie.

 

Overige berichten

Erwin van de Wolfshaar kijkt terug op depop-repop ‘We zien nu hoeveel potentie gezonde dieren hebben’

Twee jaar geleden heeft Erwin van de Wolfshaar zijn zeugenlocatie in Aalten uitgebreid en opnieuw bevolkt. Ondanks dat hij PRRS niet buiten de deur kon houden, noemt hij de depop-repop een succes. Dusdanig dat hij het ook bij de andere zeugenlocatie van plan is. Het is vooral zoeken naar het juiste moment.
Lees meer

Landras van PIC “beste van twee werelden”

Sinds enkele jaren werkt PIC aan het integreren van twee landrassen in één nieuwe lijn. Daarbij worden de positieve eigenschappen van L02 Engels Landras en L04 Danic landras optimaal benut. Het biedt de fokkerijorganisatie ook de mogelijkheid om sneller genetische vooruitgang te boeken. Varkenshouders gaan het verschil merken.
Lees meer

PIC onderzoekt het gedrag van varkens met behulp van digitale gedragsmetingen

Digitale gedragsmeting maakt het mogelijk om eigenschappen van varkens vast te leggen die voorheen moeilijk of onmogelijk te meten waren. Een recente studie onderzocht hoe deze gedragseigenschappen samenhangen met de groei en vleeskwaliteit van varkens én wat dit betekent voor de toekomst van varkensproductie. Het onderzoek begon met het filmen van ruim 2000 vrouwelijke varkens vanaf een leeftijd van 10 weken gedurende 70 dagen. Dagelijks werd vastgelegd hoeveel tijd de varkens besteedden aan eten, drinken, liggen, zitten, staan en bewegen. Dit leverde meer dan 119.000 dagelijkse opnames op. De onderzoekers ontdekten dat het gedrag van de varkens, zoals hoeveel ze eten of bewegen, erfelijk is. Dit betekent dat deze eigenschappen van ouder op kind worden doorgegeven. Er bleek ook een verband te zijn tussen het gedrag van de varkens en hun groei en vleeskwaliteit. Hoewel deze verbanden niet altijd sterk waren, waren ze wel aanwezig. Vooral de gegevens verzameld tussen dag 55 en 68 van de opnames waren het meest bruikbaar voor het voorspellen van groei en vleeskwaliteit. Digitale gedragsmeting blijkt een nieuwe en betaalbare manier om belangrijke informatie over varkens te verzamelen. Door het gedrag van varkens beter te begrijpen, kunnen varkenshouders betere beslissingen nemen over fokprogramma's en de algemene zorg voor de dieren. Dit leidt tot gezondere varkens en betere vleeskwaliteit. Bovendien kunnen zij met deze technologie dieren nauwkeuriger en efficiënter fokken, wat betere resultaten in de varkensproductie, lagere kosten en een duurzamere landbouw betekent. De introductie van digitale gedragsmeting in de varkenshouderij opent nieuwe mogelijkheden voor het verbeteren van de efficiëntie en kwaliteit van de productie. Door het gedrag van varkens te meten en te analyseren, kan PIC beter begrijpen hoe deze eigenschappen samenhangen met groei en vleeskwaliteit. Dit onderzoek toont aan dat digitale fenotypering een waardevol hulpmiddel is voor de toekomst van de varkenshouderij.  Het heeft de potentie om een revolutie teweeg te brengen in de manier waarop we naar dieren kijken, houden en fokken.
Lees meer