Relation based genomic selection versnelt genetische vooruitgang

Nakomelingen krijgen de helft van hun genetische eigenschappen mee van de vader en de andere helft van de moeder. De vraag is echter welke 50% van de genen krijgt dat dier. Dat betekent dus ook dat broertjes en zusjes niet automatisch 50% aan elkaar verwant zijn. Soms iets meer, soms iets minder. Door op basis van genomics de genetische relatie tussen dieren te berekenen en deze informatie toe te voegen aan de fokwaardeschatting, kun je nog beter de beste dieren selecteren. PIC doet dit al sinds 2013. De impact van Relation based genomic selection op het fokkerijresultaat is groot.

Omstreeks 2000 was PIC de eerste varkensfokkerijorganisatie in de wereld die genotypering in het fokprogramma implementeerde. Genomic selection is gebaseerd op zogenoemde SNP’s. Dit zijn plekken op het DNA waar de bouwsteen van de DNA-streng, de nucleotide, varieert tussen dieren. Met een SNP-chip zijn snel en relatief goedkoop een groot aantal (duizenden) SNP’s van een dier te typeren. Veel fokkerijorganisaties werken met zogenoemde high-density SNP-chips. PIC heeft een eigen unieke high-density SNP-chip ontwikkeld, waarmee alle dieren in de genetische kernfokkerij worden gegenotypeerd.

PIC gebruikt genomic selection aanvullend op de traditionele BLUP-methode. BLUP is een statistische methode om fokwaardes te schatten. BLUP doet dat door familierelaties tussen dieren te koppelen aan informatie die verkregen is door het meten van dierprestaties. De traditionele BLUP-methode gaat er vanuit dat broers en zussen 50 procent aan elkaar verwant zijn. Gemiddeld klopt dat, maar niet voor individuele dieren. Toomgenoten hebben niet allemaal exact dezelfde genen van hun ouders gekregen.

Door het genotyperen van dieren is PIC in staat om ook de werkelijke verwantschap tussen dieren te bepalen. Bij Relation Based Genomic Selection wordt bij de BLUP-fokwaardenschatting de aangenomen verwantschap tussen dieren van 50 procent vervangen door de werkelijke verwantschap. Daardoor is PIC nog beter in staat om de echte topdieren te selecteren voor de productie van de volgende generatie. Het gevolg is een veel snellere genetische vooruitgang op alle kenmerken in het fokprogramma. Het resultaat is goed te zien vanaf 2013 in de beide grafieken. Zo zie je in de eerste grafiek dat PIC er sinds de introductie van Relation Based Genomic Selection in 2013 perfect in slaagt om een toenemend aantal geboren biggen te combineren met een toename van het gemiddelde geboortegewicht. De tweede grafiek laat zien dat sinds 2013, ondanks het doorstijgen van het totaal aantal geboren biggen per worp ook de bigvitaliteit/bigoverleving gewoon meestijgt. Duidelijk bewijs dat het berekenen van de werkelijke genetische relatie tussen dieren een enorme verbetering is bij het selecteren van dieren voor de volgende generatie.